До наших дней в Заонежье сохранилось немало памятников народного храмового зодчества, говорящих о художественном таланте наших далеких предков.

Богоявленская церковь в селе Чёлмужи – один из них. Более трех с половиной столетий возвышается она на песчаном, открытом всем ветрам берегу Повенецкого залива, и как своеобразный маяк издалека просматривается с водных просторов озера.

История Чёлмужской церкви тесно переплетается с определенными событиями, происходившими в Русском государстве в конце XVI - начале XVII веков, с именами ряда политических деятелей того времени. Так, в Георгиевский погост, что в 15 верстах от Чёлмужей, пришедшим к власти Борисом Годуновым была заточена по подозрению в заговоре против него княгиня Романова, мять будущего царя Михаила, постриженная в монахини под именем Марфы. В изгнании ей всяческие услуги оказывал местный священник Ермолай Герасимов, за что потом царем Михаилом Федоровичем (сыном Марфы) ему была пожалована по обельной грамоте вотчина в Челмужском погосте с крестьянами, а его потомки на все времена были освобождены от всяческих государственных податей и повинностей. За ними на долгое время сохранилось в память о тех событиях звание "бояр". В 1605 году, по преданию, помилованная Василием Шуйским заточница, по обету заложила в селе Челмужи церковь и нарекла ее "Богоявленской", в благодарность за чудо своего спасения. Однако в архивах имеются материалы, указывающие на 1577 год, как на дату постройки храма. Кроме того, в его алтаре ранее находились два резных креста. На лицевой стороне одного из них стояла дата – 1577 год, на лицевой стороне другого - 1605 год. Поэтому наиболее вероятно предположение, подтвержденное и натурными исследованиями здания, что первоначально, в 1577 году, в Чёлмужском погосте был поставлен клетский храм, небольшой, перекрытый простой двускатной крышей, представлявший собой один из наиболее древних типов церквей, прообразом для которых являлась обычная жилая клеть, рубленная из бревен. В 1605 году Богоявленская церковь была, очевидно, перестроена на пожертвования бывшей инокини Марфы. Церковь получила более выразительный высотный силуэт благодаря надстройке над четвериком собственно церковного помещения и частично трапезной. Особенности социальной жизни того времени непосредственно обусловили значительный объем размеров трапезной. После падения в XV веке Новгородской боярской республики ее земли перешли к Московскому централизованному государству, крестьяне получили относительную свободу. Возникли благоприятные условия для земского самоуправления, активация которого приходится как раз на время строительства Чёлмужского храма. На рубеже XVI — XVII веков роль общественных центров сел стали играть церковные трапезные. Здесь со всей округи собирался на сходки народ, для чего эти помещения рубили по возможности более вместительными. Трапезная Богоявленской церкви по площади превышала основное помещение, а вдоль стен ее были гостеприимно установлены широкие дощатые лавки на резных ножках-опорах. В 1844 году сруб церкви обшивают тесом.

В конце XIX века среди русской прогрессивной общественности повысился интерес к памятникам народной культуры. Чёлмужская церковь, по данным императорской археологической комиссии, к началу XX века имела значительные разрушения. Из-за загнивания древесины постройки произошла ее неравномерная осадка, искривились потолок и пол. К трехсотлетию дома Романовых архитектор Милеев получил государственный заказ на ремонтные и реставрационные работы "сильно обветшавшего храма". В 1913 были заменены сгнившие венцы трапезной и сеней, перебраны полы, отремонтированы все потолки и крыши, заново выполнена обшивка. Во время Великой Отечественной войны линия фронта проходила в непосредственной близости от Чёлмужей. Так как церковь, возвышаясь над общей застройкой села, служила ориентиром для дальнобойной артиллерии противника, было принято решение разобрать шатер и колокольню. В 1950-х годах по проекту архитектора В.В.Гнедовского были осуществлены ремонтно-реставрационные работы Чёлмужской церкви. В это же время были отремонтированы кровли над алтарем и трапезной и перебрано крыльцо. Двускатные кровли выполнены из теса. Резьба столбов звонницы выполнена в виде широко распространенного в Заонежье мотива стилизованных кувшинчиков. Церковь по своей композиции воздействует на посетителя эффектом нарастания эмоциональной нагрузки, усиливающимся благодаря движению от плохо освещенных и низких сеней – к относительно светлой и высокой трапезной. Композиционным центром помещения церкви является иконостас. Сохранились лишь следы врубок старого иконостаса, имеющего каноническую структуру. Он состоял из трех ярусов, на которые устанавливались иконы.

Все иконы старого иконостаса в 1963 году вывезены экспедицией Карельского музея изобразительных искусств, где и сейчас хранятся в запасниках. Из живописи первого яруса сохранились две иконы XVIII века – "Деяния апостолов Петра и Иоанна" и "Распятие". Деисусный ряд - второй ярус – представлен 12 иконами начала XVII века, третий ярус – 12 двурядными иконами XVII - XVIII веков.